Enzymdynamikk er avgjørende for proteinmodifikasjon

Proteiner er store komplekse molekyler som gjør mesteparten av arbeidet i cellene. De er laget av en kjede aminosyrer, og de har en spesifikk funksjon i cellen. Proteiner kan bli kjemisk modifisert ved at de får ulike kjemiske grupper festet til seg, og dette kan forandre deres egenskaper eller funksjoner. En av disse modifikasjonene kalles N-terminal acetylering. Proteinene merkes av en acetylgruppe i begynnelsen av kjeden (N-terminal). Denne modifikasjonen utføres av en enzymfamilie som heter N-terminal acetyltransferaser (NATer). Det finnes flere slike NATer, som merker om lag 80% av proteiner hos mennesker. Studier har vist at noen av NATene er involvert i ulike krefttyper, dødelige syndromer eller nevrodegenerative sykdommer. Det er viktig å forstå hvordan NATer fungerer for å kunne finne bedre måter å behandle disse sykdommene i fremtiden.

Alle proteiner er fleksible. For å utføre sin funksjon må de ofte gjennomgå reversible formendringer. Angele Abboud har i sitt doktorgradsarbeid fokusert på å karakterisere strukturen og fleksibiliteten til NATene ved hjelp av molekylær modellering og bioinformatikk. I sitt arbeid har Abboud videre karakterisert hvordan de beveger seg, og hvilke bevegelser som er viktig for deres funksjoner.

Først så hun på en mutasjon som forårsaker den dødelige lidelsen som i mennesket blir kalt Ogden syndrom. Mutasjonen fører til redusert aktivitet for en av de viktigste NATene, noe som fører til utviklingsforsinkelser hos nyfødte. Dette fører ofte til at de ikke overlever etter fylte to år. Hun fant at mutasjonen endrer oppførselen til enzymet ved at fleksibiliteten endres. Ved bruk av bioinformatikk og modellering så hun på hele NAT familien. Angele Abboud har foreslått et mønster av fleksibilitet, felles for hele familien, som hjelper til med å forstå viktige bevegelser knyttet til funksjonen av N-terminal acetylering.

Personalia

Angèle Abboud er fra Frankrike. Hun har bachelorgrad i biologi fra Rennes University, Frankrike og mastergrad i Bioinformatikk fra Paris-Diderot University, Frankrike. Arbeidet med denne avhandlingen ble gjort på “Molekylmodellering og proteindynamikk” gruppe ved Institutt for Informatikk (UiB), under Professor Nathalie Reuters veiledning. Hun har også vært tilknyttet Computational Biology Unit ved samme fakultet.