Bakterie-DNA i luftveiene, eller er det bare forurensning?

Det siste tiåret har forskere forsøkt å kartlegge bakteriesamfunnene i lungene (mikrobiota), med det håpet å kunne bedre forstå hvordan og hvorfor man rammes av kronisk obstruktiv lungesykdom (kols) samt andre lungesykdommer. Ved å identifisere bakterielt DNA kan vi få frem både hvilke typer bakterier og anslå hvor mye bakterier som finnes i prøvene.

Disse laboratoriemetodene har bidratt til stor forventning om å avdekke en rekke lungemedisinske mysterier. En rekke funn er publisert uten at en er enige om hvordan en skal samle prøver fra luftveiene og hvordan disse skal analyseres. Det er derfor uklart i hvilken grad en kan stole på funn i studier av luftveienes mikrobiota.

Laboratoriemetodene er veldig sensitive, som er en fordel siden det er veldig lite bakterier i lungene og nedre luftveier («lav biomasse»). Imidlertid tas prøvene ofte under veiledning av et kamera som man fører gjennom munnhulen, forbi stemmespalten og ned i luftveiene (bronkoskopi). Dermed kan prøvene påvirkes eller forurenses av det mer bakterie-rike miljøet i munnhule og svelg. I tillegg er metodene svært sårbare for forurensning fra laboratoriet under prøvebearbeiding. Spørsmålet vi stiller oss - er det egentlig lungemikrobiota vi ser på eller er det forurensning? Hvordan kan vi være sikker?

Resultatene fra doktorgradsarbeidet tyder på at forurensning fra munnhule og svelg kan unngås ved å samle prøven inn gjennom et sterilt kateter som dras gjennom bronkoskopirøret. Videre har arbeidet bekreftet at laboratorieforurensing vil ha en betydelig påvirkning på analysene av lungemikrobiota. Heldigvis fant vi at slik forurensning kan håndteres ved bruk av nyere bioinformatiske verktøy. Doktorgradsarbeidet har også vist at forskjeller i protokoller for kartlegging av DNA i prøver med lite bakterier kan ha betydning for analysene og forspiller muligheten for å sammenligne resultater på tvers av studier. Dette må forskes videre på i fremtidige prosjekt.

Personalia

Christine Drengenes (f. 1983) er oppvokst i Houston, USA og Rotterdam, Nederland. Hun er utdannet molekylærbiolog ved Universitetet i Bergen. Doktorgradsarbeidet utgår fra Lungeavdelingen, Haukeland Universitetssykehus og Klinisk institutt 2, Universitetet i Bergen, finansiert av Helse Vest. Hovedveileder: 1.amanuensis Rune Nielsen. Biveiledere: Professor Tomas Eagan og Professor Harald Wiker.