Ny innsikt i hva som skrur gener av og på

Utvikling av ny teknologi for å avlese DNA i celleprøver har de siste årene resultert i maskiner som kan lese DNA mye raskere og billigere enn det som tidligere har vært mulig. Forskjellige anvendelser av denne teknologien har åpnet opp en revolusjon innen vår forståelse av DNA og gener. Utfordringer er blant annet de store mengdene DNA data som blir produsert, og vår evne til å analysere og tolke resultatene som ligger inne i dem.

Denne avhandlingen beskriver utvikling av nye metoder for å analysere data fra moderne DNA-sekvenseringsmaskiner, og anvendelse av disse innen biomedisinsk forskning. Hovedfokus er på en anvendelse der DNA-data blir brukt til å identifisere regioner i DNA der spesielle kontrollproteiner, kalt transkripsjonsfaktorer, interagerer med DNA. Slike transkripsjonsfaktorer er med på å kontrollere hvilke gener som er aktive og produserer proteiner i en celle, og hvilke som blir deaktivert.

Tilsvarende metoder som ble utviklet i denne avhandlingen var ikke tidligere tilgjengelig, og arbeidet har dermed bidratt til den kontinuerlige økning i vår forståelse av denne type data. Lokasjoner i DNA der spesifikke transkripsjonsfaktorer interagerer har blitt identifisert, og mønstrene i DNA som blir gjenkjent av disse transkripsjonsfaktorene, har blitt kartlagt i detalj. Videre ble det beskrevet hvordan komplekser av forskjellige transkripsjonsfaktorer aktiverer og deaktiverer gener i utviklingen av røde blodlegemer, og hvordan to spesifikke transkripsjonsfaktorer er involvert i et sett av genetiske sykdommer.

Personalia:

Jan Christian Bryne (født 1974) har mastergrad i Informatikk fra Institutt for Informatikk ved Universitetet i Bergen, 2007. Arbeidet med avhandlingen ble utført ved Computational Biology Unit (CBU) som nå en del av det matematisk-naturvitenskapelige fakultet. Avhandlingen ble finansiert av EU prosjektet EuTRACC. Veiledere var Boris Lenhard og Inge Jonassen.