Open-source-samfunn gjør forskernes liv enklere

Avhandlingen bidrar til initiativer for å gjøre bioinformatikk mer tilgjengelig og pålitelig for life-science forskere. Tusenvis av ulike program og tjenester har blitt utviklet i det som kan kalles et ”kreativt kaos”. Imidlertid er disse verktøy ofte vanskelig å finne, forstå, bruke, eller kombinere.

Ulike tiltak for å minske graden av kaos presenteres i avhandlingen, fra et historisk og et samtidsperspektiv. Tre originale prosjekter er del av arbeidet: et dataformat for interoperable bioinformatikk-verktøy (BioXSD), en ontologi for å dokumentere og finne bioinformatikk-ressurser (EDAM), og en prototype av et nettbasert system for forskningssamarbeid (eSysbio).

Avhandlingen tyder på at transparente og deltakende open-source-samfunn er i stand til å utvikle og vedlikeholde verktøy og standarder som kan forbedre effektiviteten og påliteligheten til vitenskapelig forskning. Slike grasrotprosjekter benytter World-Wide-Web-standarder, og bidrar til samtidens beste praksis for programvareutvikling og datateknologi.

Lignende tiltak kan være anvendbare innen andre grener av vitenskapen (mot åpen vitenskap), og innen offentlig deling av andre typer pålitelig informasjon (mot det åpne samfunnet).

Personalia:

Matúš Kalaš ble født i 1979 i Bratislava, Slovakia. Han fullførte mastergraden i informatikk ved Comenius Universitetet i Bratislava i 2004. Kalaš jobbet i industrien som programvareutvikler og -analytiker, før han begynte sin ph.d.-utdannelse ved Computational Biology Unit og Institutt for Informatikk ved Universitetet i Bergen. I løpet av sin ph.d.-periode bidro han i ulike nasjonale og Europeiske initiativer. Hovedveileder er Prof. Inge Jonassen, og medveiledere er Dr. Kjell Petersen og Dr. Pål Puntervoll.