Home
New phds

Warning message

There has not been added a translated version of this content. You can either try searching or go to the "area" home page to see if you can find the information there
Ny doktorgrad

Bioinformatiske metoder for analyse av mikrobiom-data

Yaxin Xue disputerer 5.11.2020 for ph.d.-graden ved Universitetet i Bergen med avhandlingen "Development and application of computational methods for NGS-based microbiome research".

Main content

Begrepet mikrobiom refererer til samfunnet av mikrober i et miljø. Et mikrobiom utgjør et dynamisk mikro-økosystem som reagerer på endringer i sine omgivelser og som spiller en viktig rolle i miljøet og også for mennesket. Bruk av ny sekvenseringsteknologi (NGS) har revolusjonert mikrobiell forskning og gitt oss en dypere forståelse av mikrobiom og deres metabolske og fysiologiske roller i ulike habitater. Likevel er fortsatt det å analysere NGS-data for mikrobiom-forskning utfordrende. Denne avhandlingen fokuserer på flere bioinformatiske utfordringer knyttet til bruk av markør-gen (16S), metagenomikk og metatranskriptom-analyse i mikrobiom-forskning. Avhandlingen inneholder fem artikler som dreier seg om både mikrobiom i menneskets lunger, i arktiske jord og utvikling av metoder for å analysere denne typen data. Nyere forskning viser at sammensetningen av mikrobiomet i lungene henger sammen med hvor alvorlig lungesykdommen kronisk obstruktiv lungesykdom (KOLS) arter seg hos en pasient. I de to første artiklene i avhandlingen undersøkes mikrobiomet i en samling KOLS-pasienter og også et sett friske kontroll-personer. Resultatene tyder på at vi har et kjerne-mikrobiom i lungene våre og at dette i noen grad er bevart over tid. Aktiviteten i mikrobiom som finnes i permafrost har stor betydning for effekter av klima-endring. Vi har imidlertid begrenset kunnskap om denne typen mikrobiom. Vi finner en markert endring i sammensetningen av mikrobiomene avhengig av hvilken dybde prøvene kommer fra og funnene tyder videre på at aerobisk stoffskifte og stoffskifte knyttet til nedbryting av jord spiller viktige roller i permafrosten vi finner på Svalbard. Ribosomal RNA (rRNA) inneholder de mest brukte fylogenetiske markørgenene siden disse genene finnes i alle levende organismer og har en del bevarte egenskaper. Den siste artikkelen i avhandlingen beskriver MetaRib verktøyet som gjør det mulig å rekonstruere full-lengde rRNA-sekvenser fra total RNA metatranskriptomikk data.

Personalia

Jeg studerte doktorgraden min med veiledning av professor Inge Jonassen, med fokus på beregningsmetodene for NGS-basert mikrobiomforskning. Jeg fikk min Bachelor i DaLian og Master i HongKong. Jeg jobbet også som bioinformatikkanalytiker i BGI og Novartis før jeg begynte på doktorgradsutdanningen. Min interesse er for beregningsbiologi og medisinsk forskning.