Sammenligning av proteinfleksibilitet ved hjelp av datamaskiner

Proteiner utgjør essensielle deler av kroppens maskiner, og er involvert i alt fra muskelsammentrekning til oksygentransport. De finnes i mange forskjellige former og størrelser, og for utføre sin funksjon må de ofte gjennomgå reversible formendringer. Slike formendringer fordrer at proteinene er fleksible, og det har blitt vist at proteiner med lik form, typisk har likheter i fleksibilitet.

Det er ikke trivielt å karakterisere proteiners fleksibilitet, ettersom de består av mange mindre bestanddeler, som atomer. Eksperimentelle teknikker gir innsikt i hvordan proteinene ser ut på atomnivå, men gir kun begrenset informasjon om hvordan proteinene beveger seg. På dette området kan vi finne hjelp i datamaskiner, og beregningsorientert biologi. Sandhya har i sitt doktorgradsarbeid fokusert på å studere og sammenligne proteindynamikk ved hjelp av modalanalyse av elastikknettverkmodeller. I slik modellering representeres komponentene i proteinet som kuler, sammenkoblet av elastiske fjærer. Etablerte teknikker lånt fra fysikken benyttes så for å dekomponere proteinenes iboende fleksibilitet. Sandhya har foreslått nye metoder for sammenligning av sett med mange proteinstrukturer. Noen av hennes resultater er forklart på følgende lenke: https://www.uib.no/en/news/84562/researchers-explain-hairclip-protein-mechanism

Personalia

Sandhya P. Tiwari ble født i Singapore i 1985. Hun har bachelorgrad i biologi fra Nanyang teknologiske universitet, Singapore, og jobbet etter fullført bachelorgrad ved Bioinformatics Institute, Singapore, hvor hun først ble dypt interessert i proteindynamikk. I 2009 fullførte hun mastergrad i beregningsorientert biologi ved Universitetet i York, Storbritannia, hvor hennes avsluttende prosjekt ble fullført ved European Bioinformatics Institute i Hinxton. Vinteren 2010 startet hun opp som doktorgradsstudent ved Universitetet i Bergen under Nathalie Reuters veiledning ved Institutt for molekylærbiologi. Hun har også vært tilknyttet Computational Biology Unit ved samme fakultet