Undersøkelse av prokaryote grupper som unndrar seg universelle primere i dyphavssedimenter
Master prosjekt av Susann Rüdiger
Hovedinnhold
Project title
Undersøkelse av prokaryote grupper som unndrar seg universelle primere i dyphavssedimenter
Project supervisor
Sven Le Moine Bauer
Steffen Jørgensen
Project description
Dyphavet og dets mikrobielle samfunn er et av de minst utforskede økosystemene på planeten vår. Til tross for det høye trykket, mørket og den knappe mattilgangen er prokaryoter svært tallrike i dyphavsmiljøer, der de spiller en avgjørende rolle i ulike biogeokjemiske prosesser. I tillegg er disse mikrobene viktige for å finne nye metoder for bioremediering, mikrobiell bioteknologi for potensielle energikilder og metabolsk ingeniørkunst, men også for utvikling av antibiotika. Derfor er det viktig å få mer kunnskap om prokaryoter i dyphavssedimenter. For å undersøke prokaryote samfunn er 16S rRNA-gensekvensering med universelle primersett som 515F/806R og den modifiserte 519F/805R mye brukt. Begge primersettene er essensielle for molekylær forskning og estimering av mikrobiell overflod og diversitet. Modifiseringen av 519F/805R-primersettet er bedre til å treffe arkebakterier, noe som viser seg i funnet av en rekke nye arkealske linjer, mens 515F/806R-primersettet gir et bredt spekter av prokaryote mål, men har vist seg å være mer bakteriespesifikt og kan derfor underestimere det arkeologiske mangfoldet. Generelt er det fastslått at valg av ulike primerkombinasjoner vil føre til ulike resultater. Når det gjelder de nevnte primersettene, er det kjent at noen taksonomoniske grupper unngår deteksjon. For eksempel har ulike ukjente Chlamydiae-klader vist seg å ha høy relativ forekomst i noen dyphavssedimenter ved hjelp av spesifikke primere, mens de ikke ble påvist med de universelle primersettene. Chlamydiae er kjent som en obligat intracellulær eukaryot symbiont/patogen, men de var ikke i stand til å identifisere noen mulige eukaryote verter i de anoksiske dyphavssedimentene. Et annet eksempel er påvisning av tidligere uoppdagede stammer av nanoarchaeota i dyphavssedimenter ved hjelp av samme metode. Derfor kan vi stille spørsmål ved hva annet vi overser i dyphavssedimentsamfunnene. Min studie tar sikte på å undersøke disse prokaryote gruppene ved hjelp av spesialdesignede primere og tolke deres potensielle funksjonelle rolle i dyphavssedimentsamfunn.
