Metode og teknologi
Mohn kreftforskningslaboratorium er bygget for translasjonell kreftforskning og har topp moderne infrastruktur og instrumentpark. Prosjektene ligger i skjæringspunktet mellom basal- / molekylærbiologiske og kliniske studier.
Hovedinnhold
Mohn kreftforskningslaboratorium ligger i etasje 1M i Laboratoriebygget ved Haukeland universitetssjukehus. Sammen med arealet til Seksjon for onkologi ved Universitetet i Bergen i 6. etg. i det samme bygget har forskerne totalt 500 kvadratmeter viet til translasjonell kreftforskning.
Gjennom de årene laboratoriet har vært i drift (siden 2009) har aktiviteten stadig økt, og nye instrument og infrastruktur er bygget opp.
Genetiske og epigenetiske analyser av pasientmateriale blir i hovedsak gjort ved såkalt «next-generation-sequencing», eller massiv parallell sekvensering. Til slike analyser har vi et instrument for storskala analyser (Illumina NovaSeq) og to mindre, raske instrumenter for analyser av pasientmateriale før, under og etter behandling av pasienter i kliniske studier (Illumina Miseq).
I tillegg utføres et bredt spekter av mer konvensjonelle genanalyser; f.eks PCR med påfølgende Sanger sekvensering, kvantitativ PCR (real-time PCR), bisulfitt-modifisering av DNA med påfølgende metyleringsspesifikke analyser, MLPA, Fluorescens in situ hybridisering (FISH) og immunhistokjemi utført på tissue microarray (TMA). Alle funnene blir relaterte til oppdaterte kliniske databaser.
I tillegg til analysene direkte på pasientmateriale er det utstrakt bruk av cellekulturer som modellsystem. Cellekulturer blir i hovedsak benyttet for funksjonelle studier (studier av hvilke effekter ulike genvarianter, som er funnet i pasienter, har på en celle).
Blant teknologiene som blir benyttet i cellekulturforsøk er CRISPR/Cas9 modifisering, overuttrykking av genvarianter vha. transfeksjon med ekspresjonsplasmid, «knock-down» av genekspresjon vha. siRNA og behandling med ulike typer cytostatika osv.
For overvåking/måling av effekt av ulike genvarianter/behandlinger i cellekulturer brukes «real-time» celleovervåking (ECIS) og/eller live-imaging mikroskopi, apoptose-, senescence- og cellesyklusanalyser, proteininteraksjonsstudier (co-immunpresipitering osv.) og enzymaktivitets-assays, samt utstrakt bruk av reporter-gen assay.
