FTIR virker slik

Modulering av høyfrekvente signaler skjer også i vanlig FM radio, frekvensmodulering. Til dømes vil NRK P3 som sender en bærefrekvens på 99.0 megacycler/MHz bli modulert til omtrent 10.7 MHz. Moduleringen skjer i en såkalt blandekrets. Resten av de elektroniske dingsbomsene i en radio bruker så det modulerte signalet som har omlag ti ganger lavere frekvens enn inngangssignalet på 99 MHz til å produsere lydsignaler.

De infrarøde frekvensene er så høye at man ikke klarer å modulere dem elektronisk. Moduleringen skjer derfor mekanisk ved å bruke et såkalt interferometer.

Et interferometer sørger for at infrarødt lys reflekteres tilbake på seg selv via to speil. Da oppstår enten utslokking eller forsterkning av lysbølgene (negativ eller positiv interferens).

Et av speilene stor i ro, det andre beveger seg med kjent hastighet. Det medfører at intensiteten på signalene som treffer detektoren svinger mye seinere enn de originale IR signalene. Interferometeret minsker frekvensen med en faktor på omlag 10¹⁰, faktisk ned i lydområdet. Deretter skjer den kjente og kjære Fouriertransformeringen fra tidsområdet til frekvensområdet.

Helium-Neon lasere sender ut monokromatisk rødt lys og brukes som intern standard i FTIR instrumenter. Den ene frekvensen dette gir brukes for å sikre at hvert sveip med det bevegelige speilet starter til rett tid hver gang, slik at flere målesveip kan legges sammen før svært gode gjennomsnittsspektra beregnes.