FTIR brukes slik

Vanligvis måles det såkalte bakgrunnsspekteret først (blå). I dette spektrumet sees signaler fra vanndamp og karbondioksidgass og instrumentets optiske deler. Den krumme formen skylles kaliumbromid som brukes i stråledeleren i interferometeret og at kilden ikke sender ut stråling med samme effekt i hele IR-området. H2O og CO2 skyldes at laboranter puster ut disse gassene, og at de finnes naturlig i atmosfæren.

Deretter puttes prøven som skal studeres på plass i målekammeret. Spekteret som nå kommer ut (lilla) etter Fouriertransformering inneholder signaler fra prøven i tillegg til bakgrunnen, som er den samme som før. Målingene av av to enkeltstrålespektrene er da avsluttet og det som gjentår er å fjerne bidraget av bakgrunnen i prøvespektrumet. Ved å dividere spekteret som inneholder signaler fra både prøve og bakgrunn med spekteret som kun inneholder bakgrunnssignaler får man et spektrum som kun inneholder signaler fra prøven (rød).

Kjært barn har mange navn og bakgrunnsspekteret kalles også instrumentprofilen eller referansespektrum. Prøvens infrarøde spektrum (rød) er nå klar til bruk i kvalitativ analyse, og etter en liten omregning er det klar til bruk i kvantitativ analyse. Kvalitativ analyse er å identifisere hvilken forbindelse/stoff/analytt man har med å gjøre. Kvantitativ analyse er å bestemme mengden man har av en eller flere forbindelse(r)/stoff/analytt(er).