Nature: Et nytt verktøy skal klassifisere svulster i sentralnervesystemet
Det finnes over 100 krefttyper bare i sentralnervesystemet. Forskningsgruppen for translasjonell kreftforskning ved Institutt for biomedisin har bidratt med data og materiale til et prosjekt for utvikling av et nytt diagnostisk verktøy. Det vil gjøre det enklere for kreftforskerne i klinikken.
Hovedinnhold
For å finne de optimale behandlingsalternativene er det viktig å vite nøyaktig hvilken type tumor en pasient har, men dette er vanskelig med dagens teknikker. Prosjektet ble koordinert av Universitetet i Heidelberg og resultat er publisert i tidsskriftet Nature.
Metoden er basert på metylering av DNA i kreftsvulsten. DNA-metylering av en kreftcelle preges både av cellens opprinnelse og av endringer som oppstår under tumorgenese. DNA-metyleringsprofilering er en reproduserbar teknikk som er nyttig for klassifisering av CNS-tumorer. Dette prosjektet brukte chip arrays for å lage DNA-metyleringsprofiler av hele genomet. Prosjektet sikter på å tilby klassifisering av CNS-svulster for alle enheter og aldersgrupper.
Forskere begynte med å utvikle en referansekohort bestående av 2.801 prøver. En dataalgoritme grupperte disse prøvene i 91 CNS-tumor-metyleringsklasser. Om denne metoden kunne anvendes i klinikken ble også testet: 1.155 diagnostiske prøver ble re-klassifisert med metyleringsmetoden. For ca. ¾ av prøvene stemte metyleringsklassen overens med den klassiske histopatologiske analysen. For opptil 12% av prøvene ble det derimot et nytt resultat. Å bruke metyleringsprofil istedenfor klassisk histopatologi førte til at disse prøvene ble tildelt en annen klasse. Det endret dermed diagnosen og muligens valg av behandlingsmetoden.
Forfatterne har laget et gratis nettbasert verktøy hvor klinikere kan sende inn DNA-metyleringsprofiler og be om klassifisering av prøvene for å komplimentere den klassiske diagnostiske verktøykassen.
