Spesialsamlingene inneholder materiale som er ulikt det man finner i Universitetsbibliotekets bokhyller. Her finnes historiske fotografier, antikvariske dokumenter, skeive historier, en nynorsk ordbank og mye mer. Samlingene er en skattekiste for forskning, formidling og oppgaveskriving. Spesialsamlingene består av Manuskript- og librarsamlingen, Billedsamlingen, Skeivt arkiv og Språksamlingane.
Bildetekst, øverst fra venstre: Illustrasjon av Peter Stuwitz, Ms 310. Unge palestinske kvinner i arbeid med brodering, 1957, fotograf Jørgen Grinde. Dykes on Bikes, Europride i København, 1996, fotograf Mimsy Møller. Historisk bilde av Språksamlinganes kartotekskuffer, fotograf ukjent. Seksjon for Spesialsamlinger.
Spesialsamlingene er i tillegg til å være tilgjengelige for studenter og ansatte også tilgjengelige for forskere, presse, forlag og andre med interesse for lokal- og kulturhistorie.
Manuskript- og librarsamlingen inneholder en rekke samlinger av ulike typer materiale. Her finnes f.eks. håndskrifter, antikvariske bøker, kart, aviser og brev. I disse samlingene kan man blant mye annet finne brev av Olav H. Hauge, førsteutgaver av Dickens, 1600-talls kart fra Bergen og Fag- og forskningshistoriske samlinger.
Billedsamlingen er et av landets eldste og mest anerkjente arkiv for historisk fotografi. I samlingen finnes kjente norges- og bergensmotiver, privatalbum helt tilbake til 1860-tallet, dokumentasjon fra forskerarkiv og eksempler på tidlige fotografiske teknikker. Av ca. 2 millioner bilder er mer enn 85.000 tilgjengelig for publikum på marcus.uib.no.
Skeivt arkiv samler inn, bevarer og formidler norsk skeiv historie. En av grunnpillarene i arbeidet er Karen-Christine Friele sitt personarkiv, samt flere samlinger fra andre privatpersoner og organisasjoner. I tillegg bygger Skeivt arkiv opp en samling videointervjuer, og har sitt egne oppslagsverk, Skeivopedia, som man kan finne på arkivets hjemmeside.
Språksamlingane er en betydelig vitenskapelig ressurs som består av eldre fysisk og elektronisk materiale. Samlingane er grunnlaget for de norske ordbøkene, og brukes i navnefaglige studier. Språksamlingene ble i 2016 overført til UiB fra Universitetet i Oslo.