Geomikrobiologilab
På Geomikrobiologisk laboratorium analyseres for det meste prøver innhentet av forskere ved Senter for dypharvsforskning. Det utføres ekstraksjon, amplifisering og sekvensering av DNA, identifisering og dyrking av mikroorganismer samt kvantifisering og karakterisering av forskjellige mikrobielle grupper i geologiske og biologiske prøver. Vi har også utstyr for geokjemiske eksperimenter
Main content
De siste tiårene har gapet blitt mindre mellom mikrobiologi og andre fagfelt som geologi, geokjemi og paleoklima. Faktisk har ~10^30 mikrober som bor på planeten vår blitt funnet i praktisk talt alle miljøer, og påvirker disse miljøene sterkt. Derfor vil mange systematiske studier relatert til geovitenskap også ha nytte av å undersøke det mikrobielle miljøet. De ansatte ved laboratoriet har lang erfaring innen et bredt spekter av ulike metoder (se nedenfor). Vi i hjelper gledelig alle som ønsker å bruke laboratoriet vårt.
Dyrking av mikroorganismer
Dyrking av mikroorganismer er en vanlig mikrobiologisk metode. For å få en forståelse av mikroorganismer og de mikrobielle samfunnene som finnes på dyphavet, er det viktig å kunne isolere rene kulturer for å beskrive funksjonene og observere deres vekst. For å kunne utføre dette er geomikrobiologilaboratoriet utstyrt med det som kreves for dyrking av forskjellige mikroorganismer. Laminære flyteskap og avtrekksstasjoner muliggjør ren preparering av nødvendige vekstmedier, og vi har flere statiske og ristende inkubatorer fra Binder, Termaks og Gerhardt, som letter inkubasjonen av utvalgte mikroorganismer ved et bredt temperaturområde. I tillegg har vi en Whitley A35 anaerob arbeidsbenk for arbeid med organismer som ikke tåler tilstedeværelse av oksygen.
Ekstraksjon av genetisk materiale
Ekstraksjon av genetisk materiale er viktig når man arbeider med geomikrobiell forskning. Vi er avhengige av ekstrahert DNA for å kvantifisere og karakterisere livsformer i ulike typer prøver. Prøvetaking foregår i ulike landlige og marine miljøer. For å isolere DNA bruker vi ekstraksjonssett og protokoller. Ekstraksjonen følger rutinemessige protokoller og kvalitetssikres ved kvantifisering og visualisering av DNA før videre analyser.
DNA-amplifisering og kvantifisering
Isolert genmateriale fra prøveinnsamling er ofte begrenset i mengde og kan være av dårlig kvalitet. For å produsere mer DNA for analysen er geomikrobiologilaboratoriet er utstyrt med Applied Biosystems Venti thermal cycles, som utfører Polymerase chain-reaksjoner (PCR). Den molekylærbiologiske metoden tillater rask produksjon av spesifikke DNA, spesifisert av korte DNA-fragmenter, kalt primere. Produksjonen av DNA er drevet av et mikrobielt enzym DNA Polymerase. Til slutt kan det produserte DNA brukes i analyser som sekvensering eller kloning.
Et mer spesialisert instrument med fluoriserende fargestoffer brukes for overvåkning av PCR-amplifiseringen. Applied Biosystems StepOnePlus quantitative PCR (qPCR) - maskinen brukes for kvantitativ vurdering av mikrobiologiske prøver basert på de forskjellige primerne som brukes for amplifisering. Dette gjør at det for eksempel mulig å måle mengden av mikrobielle populasjoner i prøven, i tillegg til å kvantifisere en hel rekke funksjonelle gener for å vurdere metabolske potensialet til et mikrobielt samfunn.
DNA sekvensering
De ansatte ved laboratoriet har direkte tilgang til en Ion Torrent PGM maskin ved Institutt for biovitenskap, som gjør det mulig å oppnå sekvenseringsresultater i løpet av dager. Vi bruker det regelmessig for dypsekvensering av markørgener, som 16S rRNA-genet. Dette gir oss informasjon om den mikrobielle sammensetningen til en gitt prøve.
Fluoriserende in situ hybridisering
Geomikrobiologilaboratoriet er utstyrt med et Zeiss fluorescensmikroskop. I tillegg til høykvalitets bilder, kan dette mikroskopet også brukes til fluoriserende in situ hybridisering (FISH) metoden. Med FISH kan man bruke fluorescerende genmerker for å visuelt avbilde og identifisere mikroorganismer med spesifikke genetiske egenskaper og for å skille mellom forskjellige grupper av mikroorganismer i prøvene.
Geokjemiske analyser
Laboratoriet er utstyrt med et Seal Analytical QuAAtro39 AutoAnalyzer-system. Systemet brukes hovedsakelig til å utføre næringsanalyser av porvannsprøver tatt fra forskjellige miljøer. Analysene informerer oss om konsentrasjonene av en rekke viktige molekyler som NO3–, NO2–, PO4 og NH4 +.
